Стой(,) где стоишь.
Это ведь некая устойчивая фраза, которая значит «не двигайся» / «стой неподвижно»?
― Стой, где стоишь, я сказал! ― рявкнул Кустарь и, уже обращаясь к Игорю, продолжил: ― Я знаю, кто ты. [Сергей Таранов. Мстители (1999)]
Таким образом, придаточное не относится к устойчивым выражениям и отделяется запятой.
Как это объяснить? Вероятно, основное логическое ударение в этой фразе всегда падает на первое слово "стой", и тогда после него делается фонетически обусловленная пауза в обязательном порядке. Эта пауза обозначается запятой.
При отсутствии паузы ударение падает на конец фразы, а глагол "стой" будет в безударной позиции.
Например: Делай что хочЕшь. Здесь ударением выделено только устойчивое выражение, но не сказуемое.