В данном случае я бы не стал ставить запятые:
Каталог – это тоже файл, просто с соответствующим атрибутом, поэтому слово filenames применительно к именам каталогов не является ошибкой, хотя и может звучать непривычно.
Вообще, обособление таких оборотов факультативно. Это зависит от многих факторов (см. Обстоятельства, выраженные существительными, справочник Розенталя).
В приведённом предложении словосочетание "применительно к именам каталогов", как я думаю, не является дополнительной, попутной, вставочной информацией, которая, как правило, выделяется запятыми или скобками. Оно непосредственно относится к слову filenames.
В Национальном корпусе русского языка сочетание "применительно к" встречается довольно часто и запятые ставятся или не ставятся в силу вкладываемого смысла, структруры предложения и логических акцентов. Я выбрал те, которые максимально соответствуют предложению из вопроса:
Унизительный этот термин применительно к лучшим людям отчизны шокировал Вову. [М. К. Кантор. В ту сторону (2009)]
Юридическим выражением этого конституционного постулата применительно к международному гражданскому процессу выступает доктрина «минимальных контактов». [Актуальные проблемы теории и практики международного гражданского процесса (2003) // «Арбитражный и гражданский процессы», 24.11.2003]
Термин «оспаривание» применительно к решениям третейского суда является новым для отечественного законодательства о третейских судах. [Оспаривание решений третейского суда в действующем российском законодательстве (2003) // «Арбитражный и гражданский процессы», 27.10.2003]
Мне всегда казалось, что слово «акмеизм» применительно к Мандельштаму только мешает. [М. Л. Гаспаров. Записи и выписки (2001)]
Вообще, слово «пассив» применительно к семантико-коммуникативным преобразованиям, конечно, не следует понимать буквально. [Г. И. Кустова. Производные значения с экспериенциальной составляющей (1999)]
Впервые этот термин применительно к вулканам употребил 150 лет назад известный немецкий ученый-геолог Л. фон Бух. [И. А. Резанов. Великие катастрофы в истории Земли (1984)]
Это понятие применительно к обычным явлениям выражает наличие у тела одновременного определенного импульса... [А. К. Сухотин. Парадоксы науки (1978)]
Слова «внутреннее устройство» применительно к современным лыжам (а особенно к горным) отнюдь не преувеличение. [Леонидов О., Юлин М. «Польский мяч — удачный матч!» // «Химия и жизнь», 1969]
Конечно, не исключено и обособление, когда оборот (по контексту и по мнению автора) имеет добавочное значение, например:
Эволюция знаков, применительно к взаимоотношениям метрополии и колонии, на востоке не имела значения. [Игорь Можейко. При исполнении // «Родина», 1996]
P. S. Между подлежащим каталог и сказуемым файл нужно поставить тире.