В обоих предложениях быть – не связка, а знаменательный глагол (= иметься).
- На ней было длинное шелковое платье.
Платье – подлежащее;
было – сказуемое.
- У девушки была длинная черная коса, смуглое лицо, узкий правильный нос.
Коса, лицо, нос – однородные подлежащие;
была – сказуемое, согласованное в роде с ближайшим к нему подлежащим коса.
Влияет ли порядок слов на грамматическую основу?
Влияет.
В предложении с изменённым порядком слов:
(На ней) платье было длинное, шелковое
– сказуемым (при подлежащем платье) будет уже характеристика платья: было длинное, шёлковое.