Бывают сложные предложения с разными видами связи. Конкретная их характеристика зависит от того, как части связаны между собой.
К сожалению, пунктуация не предполагает способов четкого разделения фраз в такой сложной иерархии: разделяющие их запятые все выглядят абсолютно одинаково. Поэтому при чтении такого предложения приходится опираться на контекст.
В частности, рассмотрим ваш пример:
Илья Андреевич понимал, что если не собрать яблоки до наступления холодов, то весь урожай погибнет, но обстоятельства не щадили его.
Здесь можно явно выделить следующие части предложения:
- Илья Андреевич понимал;
- не собрать яблоки до наступления холодов;
- весь урожай погибнет;
- обстоятельства не щадили его.
Также имееются следующие средства связи частей предложения:
- подчинительное что;
- подчинительное если, то;
- сочинительное но.
Обстоятельства не щадили его является второй частью сложносочиненного предложения, присоединяемой сочинительным союзом но. Логически, из контекста, мы можем предположить, что его в этой фразе относится к Илье Андреевичу. Единственной альтернативой был бы урожай, но вряд ли тут такая трактовка.
Остальные части предложения вряд ли являются придаточными к обстоятельства не щадили его, поэтому делаем вывод, что последний фрагмент является простым предложением, а всё предложение целиком является сложносочиненным.
Первая часть сложносочиненного предложения включает 3 составляющих. Значит, она сама является сложным предложением. У нас остались только подчинительные союзы, поэтому как бы связи внутри неё не были организованы, мы уже можем сказать, что она является сложноподчиненной.
Главной частью является Илья Андреевич понимал: от неё задается вопрос к придаточной, присоединяемой подчинительным союзом что.
Составное если, то присоединяет придаточную часть не собрать яблоки до наступления холодов к главной части весь урожай погибнет. Это означает, что не собрать яблоки до наступления холодов относится к другой придаточной, а не к главной части Илья Андреевич понимал. Поэтому здесь не может быть ни параллельного, ни однородного подчинения, только последовательное.
Таким образом получаем сложносочиненное предложение, первая часть которого является сложноподчиненной с последовательным подчинением.