С точки зрения грамматики тут всё очень просто. Это сослагательное наклонение, а оно требует использования той же глагольной формы, какая используется в прошедшем времени. И это не только в отношении глагола "быть". Небольшая особенность в том, что частица "бы", используемая для сослагательного наклонения, слилась с союзом "что". Нечто подобное наблюдается и с другими частицами, союзами и союзными словами - дабы, как бы, лишь бы, если бы, причем в некоторых случая требует слитного написания. Остальное - уже академический уровень, не буду перегружать ответ.
Сложность, особенно у изучающего русский как иностранный, может возникнуть при рассмотрении семантики разных случаев использования сослагательного наклонения в русском. Обычно рассматриваемая конструкция ("глагол + придаточное с "чтобы"), как и вообще все придаточные условного наклонения, несут целевую, относительную или условную фукнцию: "я хочу, чтобы настало лето", "потребуем, чтобы он пришел", "если бы я знал, я бы ответил". Их и так-то не просто отличить одну от другой даже в контексте, но у вас явно математический текст, и смысл высказывания - постулативний, обычно в семантике бытового языка не используемый. Ваш пример - один из возможных переводов английского "let (them) be", в русском нет специальной формы для дословного перевода. Отсюда и грамматика сослагательного наклонения.