Предложение записано верно: Пациенты получали препарат в дозе 50 мг или 100 мг на неделях 0 и 2, а затем – в той же дозе каждый месяц.
Препарат в дозе 50 мг или 100 мг – в этом сочетании формы в дозе 50 мг, в дозе 100 мг можно рассматривать как несогласованные определения к существительному "препарат". Тогда можно применить правило Розенталя о двух определениях при одном существительном при наличии разделительного союза ИЛИ.
Сравнить: Пациенты получали препарат в дозе 50 мг или (в дозе) 100 мг.
Правило:
http://www.evartist.narod.ru/text1/65.htm#з_04
§194. Два определения при одном существительном
Имя существительное, которому предшествует два или несколько определений, указывающих на разновидности предметов, ставится в форме единственного числа:
если между определениями стоят противительные, разделительные или сопоставительные союзы, например: не норвежский, а голландский конькобежец; латинский или готический шрифт; то широкая, то узкая дорога; как в прошлом, так и в нынешнем году; если не в соседнем, то в более отдаленном регионе;