Москва, Российская Федерация
Конечно, здесь без запятой никто не напишет, но по какому правилу она стоит? Не уточнение же, ведь Российская Федерация более широкое понятие чем Москва.
Это тот случай, когда перечисляются пункты в адресе: страна, город, улица, дом, корпус, квартира. Или наоборот в англоязычных странах. Так же могут перечисляться, например, паспортные данные.
В другом контексте может фигурировать Москва Российской Федерации. Уточнение может быть потому, что это официальный документ, для полного исключения двусмысленности или в том случае, если и правда могла бы идти речь об одной из американских Москв. Но строго они произносятся на английский лад.