Здесь возможны оба написания. Предпочтительно в бытовом стиле, пожалуй, раздельное - но только чтобы меньше вопросов было. Слитное написание по соображениям грамматики не исключается, более того, может диктоваться соображениями принятой в предметной сфере терминологии.
Знаю правило, что с причастиями "не" пишется слитно при отсутствии зависимых слов и раздельно — при наличии зависимых слов.
Это не абсолютное правило, но в целом - рабочее. Сложности возникают по двум моментам. Во-первых, как верно заметили, при определении понятия зависимых слов.
мотивируют тем, что "с заказчиком" — не зависимые слова, так как их можно опустить в этом контексте
Это никуда не годится. Вопрос, можно ли "опустить", вообще никак не связан с понятием "зависимое слово".
Зависимое слово - это слово, к которому задается вопрос от главного слова. Например, в словосочетании "умный парень" слово "парень" - главное слово. У вас: "не согласованные" (с кем?) с заказчиком. По-другому тут поставить вопрос невозможно. Так что слова "с заказчиком" в вашем примере однозначно и безусловно зависимые.
Но это было во-первых. Сложнее обстоит дело со второй частью (если нет противопоставления и нельзя заменить синонимом без "не"). Что нет противопоставления, можно принять как данность, а "нельзя заменить" - это очень плохая, школьная формулировка. Суть этого положения в том, что рассматриваются случаи, когда слова со слитным "не" образуют понятия, отличающееся от простого отрицания понятия без "не". Правда, с причастиями это происходит крайне редко, а вот с прилагательными вполне возможно. Поэтому сложилось такое ошибочное мнение, что наличие зависимых слов позволяет считать слово причастием и поэтому только требуется раздельное написание. Все не так просто, у прилагательного вполне могут быть зависимые слова и прилагательное "несогласованный" вполне может существовать ("халтурщики-музыканты издавали звуки, несогласованные друг с другом" - очень сомнительно, что здесь причастие да еще с раздельным написанием).
согласованный; кр. ф. прич. -ан, -ана; кр. ф. прил. (обнаруживающий взаимное согласие, единство) -ан, -анна (их действия согласованны)
БТС Лопатина
Итак, вопрос упирается в определение того, что есть "не()согласованный" в вашем контексте. Я соглашусь, что у вас скорее именно причастие и нового понятия с отрицанием скорее не образует. Но исключить полностью вариант слитного написания даже причастия (а вдруг там новое понятие?) я не могу. Тем более, если по контексту получится, что это именно прилагательное, есть же понятия "несогласованные строения" (и это их качество, а не состояние, к отрицанию согласованности не сводящееся), то есть прилагательное "несогласованный" тоже по контексту исключить нельзя. А в этом случае слитное написание будет предпочтительное.
Итак -
Выявлена установка не согласованных с заказчиком сплит-систем - естественное написание.
Выявлена установка несогласованных с заказчиком сплит-систем - представляется возможным, если "несогласованный" используется в значении близком к "незаконный", "самодеятельный".
Уфф... Извините, если длинно и путано. Вопрос оказался неожиданно сложным для изложения, хотя суть проста. И эту суть своего понимания, надеюсь, я донес.