Название одной из книг — "История Вселенной". Книга "История Вселенной". "История Вселенной" — приложение к слову "книга".
Как согласовать: во второй из книг, "История Вселенной", рассматривались вопросы...
или:
во второй из книг, "Истории Вселенной", рассматривались вопросы...