На основании документа. "Документа" - Родительный падеж имеет две стороны. Пример со стулом, который стоит на полу. Пол - основание для стула, а сам стул служит основанием, когда на стуле кто-либо сидит или стоит. Стало быть, "на основании стула" - это либо пол, либо сам стул. Но если сам стул, то точнее говорить "стул - основание", а не "на основании стула".
Так и с документом. Что же имеется в виду под "основанием" документа, если их два?
(Не путайте "основание" с "основой", то есть содержание документа - это не основание, а основа) (Этот вопрос касается вопроса: "согласно документА/У).