Это тема различного оформления дословных высказываний в виде предложения с прямой речью, а также другими способами (косвенная речь, БСП, член предложения, вводные слова).
Кавычки ставятся при классическом оформлении прямой речи и не ставятся в бессоюзном сложном предложении (БСП) с изъяснительным значением.
1) Смотрю вслед ему и думаю: «Зачем живут такие люди?"
Это конкретный мысленный речевой акт, отнесенный к определенному моменту времени. В предложении выделяется прямая речь и слова автора. Кавычки по правилам ставятся.
Такое оформление характерно для глаголов "говорить, думать, сказать", поэтому Розенталь говорит "как правило".
2) Я ехала, говорила с вами и все думала: почему они не стреляют?
Это бессоюзное сложное предложение (БСП), кавычки не ставятся.
Здесь ситуация особая: обозначено не конкретно сформулированная мысль, а скорее тема для размышлений.
Обратим внимание на выражение "всё думала", а также на параллельность действий (разговаривала и при этом думала). В действительности мысли могли иметь другую форму, например: "Они должны бы сейчас стрелять, но они не делают это? Интересно, почему?"
Таким образом, смысловая разница есть, и мы можем обозначить это с помощью разного оформления предложений.
С другой стороны, авторский выбор всегда присутствует. Ведь можно и первое предложение рассматривать как указание на тему для размышления, поэтому в каждом случае учитывается ряд факторов.
Сравним три варианта оформления (СПП, БСП, прямая речь):
Смотрю вслед ему и думаю, зачем живут такие люди?
Смотрю вслед ему и думаю: зачем живут такие люди?
Смотрю вслед ему и думаю: "Зачем живут такие люди?"
Первый вариант лучше смотрится в таком виде: Я посмотрел ему вслед и подумал, зачем вообще живут такие люди.
Второй и третий варианты различаются паузой, выделительная способность наибольшая у варианта с прямой речью.