Это тот случай, когда автор достаточно свободен в выборе знака. Можно выбрать любой. Они выражают оттенки речи.
Запятая характерна для передачи разговорной речи. Часто её допустимо использовать и вместо длинного тире, и вместо двоеточия. Но в "серьёзных" текстах так лучше не писать.
Двоеточие делает акцент на возможности выбора, мол, скажите, мне точно нужно знать, яблоки или груши вы предпочитаете. То есть из этих двух.
Длинное тире придаёт последним двум словам уточняющее звучание. То есть сам вопрос это "какие фрукты вы предпочитаете", потом пауза, мы даём слушателю задуматься, а потом как бы подсказываем: "Яблоки или груши", чтобы ему было проще ответить. Плюс, при постановке длинного тире понадобится ещё одна закрывающая запятая для оборота "какие", так что будет и тире, и запятая.
В Вашем случае, на мой взгляд, исходя из вышесказанного, лучше всего выбрать двоеточие.
Также возможен вариант, где яблоки и груши берутся в скобки.