Дидодекаэдр - сложное слово с 4 греч. корнями: ди(с)-дважды; додека-12 (здесь уже два корня в нашем представлении); эдр - грань.
Но в современной науке такие корни, как -эдр, часто называют аффиксоидами, в данном случае суффиксоид, потому что корень стоит на месте суффикса и выполняет его роль. Числительное здесь всё-таки корень, а не приставка, ведь с ним связано основное значение слова.
При образовании новых слов аффиксоиды выступают как готовые структурные элементы, причем в конечном итоге в качестве аффиксоида может выступать любой компонент чистых сложений и сложных существительных.
Примеры префиксоидов: авто-, био-, гидро-, микро-, кино-, теле-, фото-, электро-, теле-, видео-, пневмо-, бальнео-, баро-, крио-, водо-, все-, лесо-, много-, перво-, рыбо-, само-, тепло-, игло-, климато-, лавино-, луно-, плането-, фондо-.
Примеры суффиксоидов: -логия, -лог, -граф, -графил, -грамма, -метр, -метрик, -скоп, -фон, -бус, -тека, -воз, -провод, -вед, -вод, -ход, -мер, -ведение, -строение, -водство.
У нас корень -эдр тоже готовый структурный элемент: тетраэдр, гексаэдр (куб), октаэдр, додекаэдр, икосаэдр.
Сложные слова со многими корнями часто произносятся с двойным ударением, одно из которых называют побочным. Кстати, то, что ударение не падает на корень -эдр, тоже говорит о слабеющем значении морфа как корня, главное ударение на числительном - двойное 12. Побочное ударение играет разную роль, в том числе облегчающую произношение, здесь, скорее всего, она и есть. Побочное ударение факультативно, это словарь рекомендует:
дѝдодека́эдр