Виды деятельности, не являющиеся основным видом(?!) — на мой взгляд, некорректно. Если написано, что много объектов (не) являются одним объектом, то это может означать лишь то, что они в совокупности (не) являются этим. (Например: Россияне и украинцы не являются одним народом). Ошибка речевая, а более конкретно — синтаксическая (нарушение правил сочетания слов), а она уже порождает смысловую (лексическую), но последняя вторична.
Виды деятельности, не являющиеся основными — корректно, но исчезла информация о том, что есть только один основной вид деятельности. Если важно это подчеркнуть, то фразу нужно перестраивать, например так: "виды деятельности, отличные от основного" или "виды деятельности, не совпадающие с основным".