Образование он получил в рязанской духовной семинарии, откуда поступил в московский университет на физико математический факультет.
Почему выделенная фраза не является уточняющим обстоятельством места?
Факультет - структурное подразделение высшего учебного заведения, следовательно, может уточнять, конкретизировать место обучения. Есть предположение, что в данном случае "московский университет" - слишком обширное понятие, ибо в Москве много университетов, а выделенная фраза конкретизирует только один .
И, допустим, во фразе поступил в Московский государственный университет, на факультет журналистики, в 2005 году фраза "на факультет..." являлась бы уточнением понятия МГУ.