Двойное дно - метафора, указывающая на наличие скрытого смысла, подвоха или обманчивой видимости. Буквально она отсылает к "чемодану с двойным дном" из старых фильмов о шпионах и контрабандистах - они прятали под вторым дном оружие, шпионские приспособления или наркотики. От уподобления чего-либо чемодану с двойным дном со временем произошёл сдвиг к укороченному выражению "с двойным дном" или ссылками на наличие "двойного дна". Менее широко известно "двойное дно" как термин в кораблестроении, геологии (второе дно водоёмов) и экономике.
Установить время начала использования выражения трудно, но приблизительно можно проследить его по изданиям словарей. У Даля такого упоминания нет (хотя ящики с двойным дном у фокусников были известны много веков), в Малом академическом словаре есть "чемодан с двойным дном" в статье "дно", а у Ожегова уже есть метафора "человек с двойным дном". Можно предположить, что современное употребление выражения связано с развитием средств массовой информации во 2 половине 20 века (кино и телевидение), а само возникновение штампа с уже "потерянным" чемоданом произошло с лёгкой руки какого-нибудь журналиста. Сейчас так говорят даже литературные критики, которые находят "метафоры с двойным дном" у поэтов.
Чтобы понять смысл двойного дна у фактов (в нейтральном это смысле или о "скелетах в шкафу"), нужен контекст, но само по себе выражение возможно: известный факт - видимость, а за ним может скрываться что-либо интересное или зловещее.