"Цилиндрическом и торцевом" -это определения к слову "седлах". Валгина (http://www.hi-edu.ru/e-books/xbook142/01/part-024.htm#i14096) пишет: "Обособление постпозитивных одиночных согласованных определений обязательно... если перед определяемым словом уже есть определение,[перпендикулярных ] и, следовательно, постпозитивные определения в какой-то мере становятся дополнительной характеристикой, добавочным уточнением: Первая моя московская осень, теплая и приветливая, стояла долго (Чив.). Возможно употребление тире перед обособленными определениями, стоящими в конце предложения: Таковы многие бунинские персонажи - колоритные, яркие, своеобычные (Кр.); Он еще долго стоял - опустошенный, ненавидящий себя (Расп.); Повернувшись к окну, он смотрел в сад - неуютный, голый, заштрихованный мелким, плотным дождем (Ард.).
Следовательно, надо написать так:
Запорный орган вращается в корпусе в двух взаимно перпендикулярных седлах — цилиндрическом и торцевом, поэтому заклинивание запорного органа в корпусе исключено.