1) В ПАС действительно использован Р.п. для названий созвездий.
http://orthographia.ru/orfografia.php?sid=85#pp85
§ 178. В названиях небесных тел, созвездий и галактик с прописной буквы пишутся все слова, кроме родовых наименований (звезда, комета, созвездие, планета, астероид и т. п.) и буквенных обозначений светил (альфа, бета, гамма и т. п.), напр.: созвездие Большого Пса, туманность Андромеды...
2) Правильное название – это в первую очередь дело астрономии. Если созвездие называется Орион, то не очень ясно, почему писали созвездие Ориона. В новом словаре написание исправлено, и именно его желательно использовать. Возможно, что со временем в правила также будут внесены изменения.
3) О согласовании
В сочетании созвездие Орион: Орион – название, созвездие – родовое слово в роли приложения. Нужно ли здесь согласование?
В текстах встречаются два варианта: созвездие Орион и созвездие Ориона.
Примеры:
(1) Созвездие Орион можно легко увидеть в конце лета, осенью и зимой. (2) Так, созвездие Ориона ярко светит ночами над европейской частью континента.
Также в косвенных падежах: (1) Две яркие звезды в созвездии Орион это Ригель и Бетельгейзе. (2) В созвездии Ориона находится яркая и особенная туманность, называемая «Конская голова».
В первом варианте имя собственное не склоняется для сохранения точности названия (иначе было бы в созвездии Орионе). Во втором варианте форма Р.п. также является постоянной, несклоняемой.
4) Возможно, постоянная форма Р.п. использовалась, чтобы избежать И.п. для названия в косвенных падежах: в созвездии (П.п.) Орион (И.п.).