Можно ли сказать о колёсиках в часах, что они "идут"? Например:
"Внутри у них колесики вращаются, идут,
свивают нитку длинную из маленьких минут".
Определённо идут, цепляясь зубчиками, вращающиеся шестерёнки. Они внешне, из-за малой величины и шага, схожи с колёсиками. В этом смысле слово приемлемо.
Выражение не самое удачное.
Хотя идти — это многозначное слово, и в данном случае оно связано с выражением время идет, но к вращательном движению оно обычно не применяется (если только в выражении голова идет кругом).
Идти — это в общем случае двигаться, перемещаться, но обычно поступательно (даже в условном значении, если мы говорим о времени).
Можно поставить кавычки: колесики "идут" (то есть они-то вращаются, но при этом отсчитывают время, которое идет).
Или списать на неточность, допустимую в детских стихах (кавычки как бы подразумеваются).
Чёрная стрелка проходит циферблат.
Быстро, как белки, колёсики спешат.
Скачут минуты среди забот и дел.
Идут, идут, идут, идут — и месяц
пролетел!
В. Лебедев-Кумач. Песенка о стрелках
В этом известном песенном четверостишии, мне кажется, идёт-движется всё: стрелка идёт-проходит, колесики идут-спешат, минуты идут-скачут.
Обо всём сказано образно — и всем понятно.
В Вашем тексте можно соединить оба глагола (вращаются-идут или вращаются-бегут), чтобы показать одновременность двух действий.
Дополнение
Образных описаний движения часовых колёсиков предостаточно:
И поступь и голос у времени тише
Всех шорохов, всех голосов.
Шуршат и работают тайно, как мыши,
Колесики наших часов.
С. Маршак
И Афоня стал ожидать. Часы-ходики тикали, и колёсики их поскрипывали и напевали, баюкая деда.
А. Платонов. Цветок на земле
Представьте себе: по небу плывёт солнышко, по земле течёт речка, а в раскрытых часах, которые лежат на берегу реки, бегут зубчатые колесики.
Л. Фельдек. Про комара Коломана
В приведенном примере слово "идут" используется исключительно для рифмы. В стихотворениях и не такое можно прочесть. Здесь, видимо, мысли ребенка. Или стихотворение для детей, которые пока не знают слова "шестеренки". А колесики, конечно, вращаются.