Если следовать правилам, то, как я вижу, возможны два варианта:
Ну и в-третьих, и, быть может, в-главных – ...
Ну, и в-третьих, и, быть может, в-главных – ...
Вот что-то похожее:
Ну, и, в-третьих, впервые в истории на Красную планету командируется космический корабль с пилотами.
Ну и в-третьих, быть может, так скорее наступит день, когда...
Ну и, разумеется, в-третьих, не стоит забывать о накопительных скидках.
Мне кажется, что избежать огромного количества знаков поможет такая конструкция (она попроще, но смысл тот же):
И, в-третьих, самое, быть может, главное – тут ведь с первой минуты на губах ощущаешь соль…