Разумные причины таковы.
1) Мы ставим запятые не тогда, когда нам хочется это сделать, то есть для обозначения произносительных пауз. В этом случае весь текст был бы "украшен" запятыми, которые ничего, кроме этих пауз, не обозначали бы и не имели бы никакого смысла.
2) Русская пунктуация основана на трех принципах: семантическом, грамматическом и интонационном (первый относится к содержанию текста, а второй и третий к его форме). Автор хочет выразить определенное содержание и подбирает для этого подходящую форму: строит грамматику и структуру предложения. В устной речи каждому варианту соответствует своя интонация, и знаки препинания помогают нам правильно определить эту интонационно-грамматическую форму.
Заданное предложение
Но в итоге он смог добиться протЕкции, получить необходимый опыт рабОты, а после поступить в элитный университет для получения степени магИстра.
Это простое предложение, осложненное тремя однородными сказуемыми, и предложение тоже состоит из трех фраз, каждая из которых имеет фразовое (тоническое) ударение. Запятые также делят его на три части. Таким образом, семантика, грамматика и интонация соответствуют друг другу.
Выделенные наречия играют вспомогательную роль (это своеобразные маркеры): они или связывают предложение с предыдущим текстом (В ИТОГЕ), или уточняют время (А ПОСЛЕ ― союз А и временное наречие). Разумеется, нельзя отделять их запятой от тех фраз, к которым они относятся.
Итак, первый шаг ― это определение грамматики предложения. Знаки препинания обозначают только те паузы, которые имеют грамматическое обоснование.