В другом случае в центральном круге могла присутствовать Дева Мария(,) и тогда её окружали Силы Небесные, согласно их небесной иерархии – херувимы, серафимы, ангелы, архангелы.
То есть вопрос о запятой: ставить - не ставить.
"Тогда" связывает первое предложение со вторым. "В другом случае" не может относиться ко второму предложению, "в другом случае тогда" — лишено смысла. Запятая нужна.