Тире в заданном предложении не является обязательным, оно обозначает увеличенную паузу. Однако в этом случае лучше поставить запятую и тире как единый знак:
Сегодня он понимает, что и опыт далеко не гарант компетентности, — особенно если это опыт выполнения одних и тех же механических обязанностей.
Похожий пример у Розенталя.http://old-rozental.ru/punctuatio.php?sid=144#pp144
В смущении он говорил не то, что думал, — он произносил первые пришедшие на ум слова.
Пояснение:
Одно интонационное тире тоже используется, но в этом случае обычно требуются дополнительные условия (однородные придаточные, указательные слова и др.): http://old-rozental.ru/punctuatio.php?sid=142#pp142