Если Вы имеете в виду Малый академический словарь Евгеньевой А. П. 1957—1984гг,то там как раз такая помета есть:значок || означает "переносное", и примеры соответствующие, где столица - центр чего-то: невзрачная столица серого земледельческого уезда,столица степного края. Так что столиц не становится много, в каждом государстве одна.
Энциклопедический словарь экономики и права(2005) объясняет:
СТОЛИЦА - главный город, административно-политический центр государства. С. обычно является местопребыванием центральных (общенациональных) правительственных, парламентских и судебных учреждений. Как правило, С. выделяется в самостоятельную административную единицу с особым режимом управления. В большинстве федеративных государств С. находится на территории специального федерального округа, не входящего в состав ни одного из субъектов федерации и, как правило, не являющегося самостоятельным субъектом федерации. В большинстве стран местопребывание С. указано непосредственно в тексте конституции. В соответствии с п. 2 ст. 70 Конституции РФ 1993 г столицей РФ является город Москва. Статус столицы устанавливается федеральным законом. При этом, однако, Москва является самостоятельным субъектом Российской Федерации.
http://endic.ru/ecolaw/Stolica-5350.html
Итак,Москва - столица Российской Федерации, город федерального значения, административный центр Центрального федерального округа и центр Московской области, в состав которой не входит.
Никак не столица Московской области, она даже не входит в неё. В Москве одна зарплата, в Московской области другая - как у всех остальных областей, без доплат.
