Не было ни секунды, чтобы я не подумала о тебе.
Это СПП с местоименно-союзной (соотносительной) связью, причем особый подтип с отрицанием в главной части.
Рассмотрим варианты такого предложения:
Не было такой секунды, в которую я не подумала бы о тебе.
Не было такой секунды, чтобы я не подумала о тебе.
Таким образом, используя союз ЧТОБЫ, мы переходим от чисто местоименной связи с помощью союзного слова КОТОРЫЙ (и сослагательного наклонения глагола) к местоименно-союзной связи с помощью ирреального союза ЧТОБЫ.
Характерной особенностью предложений с местоименно-союзной связью является то, что признак предмета в главном предложении описывается не через местоименную связь "указательное слово-союзное слово", а через ситуацию в придаточном предложении.
Предложения похожей структуры:
Не такой туман, чтобы отменять полеты. Я не так уверен в своих выводах, чтобы говорить о них. Я не так воспитан, чтобы подслушивать.
Примеры с другими союзами или с союзом ЧТОБЫ без отрицания:
День такой холодный, что не хочется выходить из дома. У него такой вид, словно он трое суток не спал. Он стремился создать такую атмосферу, чтобы дети чувствовали себя как дома.