Надо сказать, предложение не для среднего школьника.
С двоеточием всё ясно: бессоюзное сложное предложение, вторая часть раскрывает смысл первой.
Прекрасны свет и тишина лабораторий: ...
а дальше то, что происходит в научной лаборатории по представлениям героя.
А вот запятая и тире поставлены здесь как единый знак препинания. В 19 веке его ставили часто в сложносочинённом предложении, а это текст Набокова - большого эстета и знатока русского языка. Сейчас этот знак ставят в сложноподчинённом предложении и периоде для обозначения паузы, распадения большого предложения на две части. В этом предложении как раз есть это распадение:
...как хороший ныряльщик скользит сквозь воду с открытыми глазами, так, не напрягая век, глядит физиолог на дно микроскопа, и медленно начинают багроветь его шея и лоб- это то, что происходит с учёным до совершения открытия.
и он говорит, оторвавшись от трубки: «Все найдено»... - констатация факта открытия.
http://pravopisanie_i_stilistika.academic.ru/114/
Так что все знаки поставлены по правилам, но в школе не говорят о запятой и тире как едином знаке препинания, поэтому за ошибку счесть не должны, можно было поставить запятую или тире на Ваш выбор.