И когда такой зверь в нескольких шагах от вас откровенно пробегал дорогу, пересекал по параллели этот естественно обозначенный меридиан, и был он не в масштабе, а, что называется в натуральную величину, — масштабы смещались, зверь и впрямь почти перекрывал Косу от моря до моря.
На мой взгляд, необходимо было обособить лишь "что называется". И тогда если мы уберем "начинку", то получится: ...и был он не в масштабе, а в натуральную величину — масштабы смещались...
В вашем примере ошибки нет. Здесь вводная конструкция находится в начале обособленного члена предложения - в натуральную величину.
Вот что говорится в справочнике Розенталя.
. Если вводное слово или вводное сочетание слов стоит в начале или в конце обособленного члена предложения, то оно не отделяется от него знаком препинания, т. е. запятые выделяют член предложения вместе с вводным словом:
1) В одну ночь, должно быть из озорства, списком был оклеен фасад городской думы (Фад.), ср.: Около самой черной тучи летали перекати-поле, и как, должно быть, им было страшно (Ч.);
К автобусу подошла девочка, по сути ребенок, ср.: После этого, по сути, и спрашивать об ее [Аксиньи] отношениях к Григорию было незачем (Шол.); Студент вернул в библиотеку книгу, вероятно даже не прочитав ее,* ср.: Небо потемнело. Скоро, вероятно, пойдет дождь; Дана достаточно ясная характеристика, в частности декабриста Михаила Спиридова (Чив.), ср. На собрании вопрос, в частности, касался методов обучения; Что же касается русских серьезных статей, например по социологии, по искусству и проч., то я не читаю их просто из робости (Ч.)
И когда такой зверь в нескольких шагах от вас откровенно пробегал дорогу, пересекал по параллели этот естественно обозначенный меридиан, и был он не в масштабе, а, что называется, в натуральную величину, — масштабы смещались, зверь и впрямь почти перекрывал Косу от моря до моря.
Вводное предложение после союза А обособляется, так как союз относится к структуре предложения (не в масштабе, а в натуральную величину).
За долгие годы работы в Казахстане он исходил его пешком вдоль и поперек, знал степи не на глазок, а, что называется, на ощупь. [Л. И. Брежнев. Целина (1977)]
Примеры:
Да не простую, а, что называется, тематическую. [Владислав Быков, Ольга Деркач. Книга века (2000)]
Речка не шумит, а, что называется, гремит, да еще как! [П. К. Козлов. Географический дневник Тибетской экспедиции 1923-1926 гг. №2 (1924)]
