Несогласованные определения действительно совмещают значения определения и значения дополнения или обстоятельства. Снизили оценку верно, потому что ученик не увидел превалирующей синтаксической функции слова. Варенье какое? из чего? - определение с оттенком дополнения. Если бы он увидел только функцию определения, ошибки бы не было. Идеально, конечно, двойное подчёркивание, но уж если одинарное, то следовало выделить главную функцию.
Вот в предложении Климат в Ленинграде сырой "в Ленинграде" тоже имеет две функции - обстоятельства и определения, но если бы мы обозначили его функцию только как определение, Вы бы снизили оценку? Ведь явно же вопрос сначала нужно поставить от сказуемого - сырой где? в Ленинграде, а только потом от подлежащего - климат какой?. Это всего лишь оттенок. Кто увидел - молодец, не увидел - бог с ним, главное-то увидел.
Так что я согласна с учителем,несогласованное определение нужно учить видеть, не увидел - ошибка.