1) "Будем, во-первых и прежде всего, добры, потом честны, а потом — не будем никогда забывать друг об друге" (Ф. Достоевский). Идет перечисление: "во-первых, потом, а потом". (Последнее тире скорее связано с разной структурой называемых признаков). Судя по пунктуации, "потом" здесь просто необособленное наречие, хотя заменяет вводное слово "во-вторых".
Другие примеры: "Главные причины злополучия, постигшего нашу армию, были: во-первых, голод, потом беспрерывные переходы и кочевья и, наконец уже, стужа, когда она была сопряжена со снегом. (Д. В. Давыдов). Вот современная речь: "Во-первых, дикарям чужды любовь и сострадание, а потом закон такой, понимаете? Чтобы выжить".
2) Собственно говоря, вопрос возник при анализе ранее приведенного здесь предложения "Во-первых, я не заметил, что это пример, а потом, действительно, в этом примере может быть и прошедшее время".
А если предложение перестроить, то нужны запятые? "Во-первых, я не заметил, что это пример, а потом ()в этом примере ()действительно () может быть прошедшее время". Такое впечатление, что запятые не нужны, паузы точно нет.
3) С другой стороны, возможна структура предложения с паузой, например: "Во-первых, почему кто-то должен им давать заказ, а потом, разве они сами не могут провести исследования?