Манжеты успешно применяются в пищевой и фармацевтической промышленности, поскольку материалы, используемые в манжетах, — фторопласт и нержавеющая сталь — имеют соответствующие сертификаты.
Пояснение
Вопрос о постановке запятой и тире решается в трех темах: обобщающие слова при однородных членах, обособление приложений и вставные конструкции, при этом возможно: 1) поглощение одного тире; 2) перенос запятой. Все эти варианты в принципе рассматриваются в правилах Лопатина и Розенталя, но тем не менее всегда вызывают вопросы.
К примеру, вставка всегда обособляется двумя тире, в этом случае решается вопрос о переносе запятой. Обособленные приложения могут встраиваться в структуру сложного предложения и обособляться одним тире.
В заданном примере, действительно, можно сослаться на лопатинский пример из темы обобщающих слов: Всё, что могло приглушить звуки, — ковры, портьеры и мягкую мебель — Григ давно убрал из дома. (Кстати, вместо первого тире здесь иногда пишут двоеточие). Но хотя эта тема относится к "Обобщающим словам при однородных членах", ее можно решить в общем виде по методу вставки (именно тогда вместо двоеточия используется тире).
Итак, при вставке ставятся оба тире и решается вопрос о запятой. Перенос запятой делается в тех случаях, когда на месте вставки была запятая, относящаяся к структуре предложения (однородные члены, деепричастный оборот, ССП или СПП), например: Она повесила трубку – аппарат был рядом, – но ещё долго молчала.
Но запятая не переносится, если перед вставкой находится обособленный член предложения, не входящий в её состав: День, который она провела в Москве, – потом она часто вспоминала об этом – был тёплым, солнечным. Увидеть и услышать писателя для меня, провинциала, – я тогда работал в Сибири – было необычайным счастьем.
В нашем предложении именно этот вариант (вставка/однородный ряд не входит в состав обособленного члена, а относится к слову "материалы"): Манжеты успешно применяются в пищевой и фармацевтической промышленности, поскольку материалы, используемые в манжетах, — фторопласт и нержавеющая сталь — имеют соответствующие сертификаты.