Опытный руководитель понимает, что если что-то делает не так, как надо, это всегда потом обнаруживается (может быть, и не сразу) и иногда может принести неприятности.
Если внутри вставной конструкции находится вводное слово, то вводное слово выделяется запятыми, а вводная конструкция с помощью тире или скобок:
Письмо было написано мелким почерком (очень, кстати, неразборчивым).
Враги его, друзья его (что, может быть, одно и то же) его честили так и сяк.
Сравнить: "Так вот, Роман Самгин, может быть и не сразу, но обнаружил ярко выраженную генетическую склонность или, проще говоря, режиссерский талант, а интенсивную работоспособность почувствовал или приобрел сразу". Здесь вводное слово входит в состав обособленного оборота и не обосособляетя.
Из Правил Лопатина: В тексте вставной конструкции сохраняются все необходимые для нее знаки (запятая, восклицательный и вопросительный знаки, многоточие, двоеточие).