Возможны оба варианта, в зависимости от того, какое значение говорящий придаёт "строкам".
Вне контекста из выбранного варианта может следовать авторское отношение к "строкам" (акцент на их количестве, либо на содержании). Если сказать "пропущено две строки", то это воспринимается как количественная оценка уровня технических ошибок в тексте, например, копированном. В альтернативном же варианте ("пропущены две строки") просматривается важность пропущенных строк по содержанию. Это в предположении сознательного, разборчивого выбора выражений автором.
Могут быть и контекстные ограничения, делающие один из вариантов явно предпочтительным.
2a) Если речь идёт о "пропавшей" паре конкретных строк, например, при переписывании фрагмента пушкинского стиха, то уместным выглядит только вариант "пропущены две строки": эти строки знает наизусть говорящий и скорее всего, их должен был знать ошибшийся исполнитель. Акцент - на содержании строк. Не исключено, что эти строки будут затем процитированы.
2б) И наоборот, если речь идёт (условно) о программе, подсчитывающей выпадения строк из-за технических сбоев, выпавшие строки обезличены и смысл утверждения - в донесении информации об их количестве (было "пропущено две строки").