Можно сказать
окуни, щуки, сомы
но нельзя
*трески
Вопрос: есть ли множественное число у слова сёмга (в значении отдельной рыбины, а не вида как такового).
Вопрос: есть ли множественное число у слова сёмга?
Есть. См.:
Можно ли сказать "две сёмги"?
Можно. Так говорят.
Помета "обычно собир." в словарях не говорит о том, что словом сёмга нельзя назвать одну рыбину этой породы.
P.S.
Семга в словарях дается с пометой: собирательно.
В приведенных же вами примерах: окуня, сома - не являются мн.ч. Окончания -а-я являются родительным падежом.
Мн.ч. Окуни, сомы.
То же: две трески - род.пад.