Убрать, без вариантов. Скоро авторы начнут её внутри слова ставить, вы тоже будете спрашивать, убирать ли? Или просто решили на нас вообще всю работу переложить, даже самую простую? )))
Спорно... Фраза корявая, поэтому сомнения. "Исходя" здесь часть составного предлога "исходя их", не деепричастие. И оборот с таким предлогом тоже обычно обособляется. Но не всегда. Если есть тесная связь со скзауемым или вообще является частью составного сказуемого, то точно не обособляется (другие редкие случаи, когда обособлять не надо, опускаю, не актаульно) А сказуемого в предложении нет. В результате непонятно, на что ориентироваться. Надо бы уточнить, допускает ли вообще классическая грамматика подобные конструкции. Но пока я бы или запятую убрал (тесная связь с главным членом все-таки), или вообще текст поменял.
Cмотрите-ка, я был прав. Нашел подтверждение, запятая не нужна.
[обороты не обособляются] если деепричастие утратило глагольное значение; так, простые отглагольные предлоги благодаря, включая, исключая, кончая, начиная, считая, спустя и составные отглагольные предлоги смотря по, судя по, невзирая на, несмотря на, не доходя до, исходя из, начиная с вместе с относящимися к ним словами не образуют деепричастных оборотов и не обособляются, например: К работе можно приступить начиная с будущей недели (слово начиная можно опустить без ущерба для смысла и структуры предложения); Статистические показатели выводятся исходя из многих данных (слово исходя можно опустить); Будем действовать смотря по обстоятельствам (слово смотря можно опустить).
http://www.evartist.narod.ru/text1/45.htm
(Розенталь)
Получается, "Справка" на грамоте погорячилась, считая обособление необходимым "как правило" (кроме случаев оборота, неотделимого от сказуемого).
http://www.gramota.ru/spravka/punctum/58_248
Прервусь пока, вернусь - продолжу
- Фраза корявая. От чего "этого" независимо"? Но, если менять текст, здесь без запятой никак. Фраза даже читается совсем плохо.
Основания для такого обособления можно найти тут (хотя правила не строгие).
http://www.gramota.ru/spravka/punctum/punctum_attach1/
Будем считать, что тут (как мининимум!) нужно обозначить границы оборота. А почему нет? Наверное, есть и более весомые основания для запятой (таковых много - http://orthographia.ru/punctum_uk.php?pid=401 - весь § 75.), но и этого достаточно.
Однако у меня стойкое ощущение, что здесь надо не "независимо от", а как раз "при этом". Вот тогда запятой не надо. Уточните у автора, если можно, насколь ему дорога конструкция "несмотря на" - и почему. "Независимо от" это значит, что какие-то другие группы, независимо от подгрупп, были образованы одинаково... Абракадабра, короче получается. Лучше всего - контекст. И побольше.
- Конечно. Вы ж должны закрыть придаточное. Скобки запятую не поглощают.
После скобки запятая без пробела, после запятой пробел обязателен. У вас его нет даже после скобки, что тоже неправильно.
(+)
Подумал, может вы сомневаетесь, где придаточное заканчивается... Так не сомневайтесь. Все вместе "в которых сказуемые заменяются предикатом (с неизбежной потерей содержательной специфики действия)" является придаточным и обособляется запятыми. Вроде бы, текст лингвистический, вполне себе вам доступный к пониманию.