Тема обособления оборотов с союзом КАК является сложной, а ее освещение во всех учебниках желает оставлять лучшего. В частности, абсолютно игнорируется интонационный метод пунктуации, да и семантический рассматривается весьма приблизительно.
Вот несколько замечаний по теме. Во-первых, следует различать обороты со значением тождества и сравнительные обороты, я бы их обозначила так: "а = в" и "а как в". Решение задачи в каждом случае разное. Во-вторых, предложение должно быть построено (автором) таким образом, чтобы его можно было обособить, если автор хочет его обособить (то есть мы должны иметь определенную интонационную структуру).
Приведу похожий пример:
(1) Я пришёл сюда как честный человек, чтобы раскрыть вам глаза. Здесь я не хочу обособлять оборот, делаю его центром высказывания, придаю ему значение "в качестве, в роли". Дело не в том, что я - честный человек, а в том, что здесь требуется любой честный человек, в том числе и я подойду. Оборот тесно связан со сказуемым.
(2) Я, как честный человек, намерен сдержать данное мною слово. Это обособленное приложение со значением причины, аналог придаточного предложения: я сдержу слово, так как я честный человек.
Разберем приведенный пример:
Отцу, как заместителю директора, пришлось ехать в министерство. Это оборот со значением тождества (не сравнительный оборот). Структура предложения такова, что я однозначно СЧИТЫВАЮ с нее, что отец - заместитель директора, и именно поэтому он поехал в министерство, так как заместителей директоров, как и самих директоров, туда приглашали. Дело в том, что в такой позиции оборот обособляется в ОБЯЗАТЕЛЬНОМ порядке, а обособленный оборот имеет значение причины.
Если автор хочет вложить сюда ДРУГОЙ СМЫСЛ, то предложение нужно перестраивать: Вместо директора, в министерство пришлось ехать отцу как его заместителю.
Из всего сказанного следует одно: точный смысл СОДЕРЖАНИЯ передает его ФОРМА (грамматика и структура предложения), а знаки пунктуации должны ей просто СООТВЕТСТВОВАТЬ, так как все это должно быть заложено уже в УСТНОМ варианте сообщения. А все веяния и официальные позиции всегда будут выглядеть как нечто искусственное в живой материи языка.