учительница им сказала, что на гласную корень оканчиваться не может, только на согласную
Если так, то учительница неправа. Скорее всего, она или сын забыли "как правило" или что-то такое. Вообще утверждение можно в некотором считать справедливым разве что в плане исторической морфологии, да и то с огромными оговорками. Но в школе такие вещи не обсуждают.
Если же учительница действительно так считает, попросите её найти корень в слове "обувь". Сравните: "обуваться", "разутый" и проч. Интересно, какой корень она вычленит.
В отношении конкретного слова - тут сложнее. Если они уже знают о корневых чередованиях, то можно объяснить, что здесь чередование сто/ста(н) : стоять, вставать, стан, становиться и проч. Во всяком случае выделение корня "сто-" вполне правомерно с академической точки зрения. Но как к этому относится "школьная" русистика - сказать не могу, думаю, меня поправят, если что.