Прочитал, что пунктуация дана для того, чтобы показать какие-то паузы, которые наметил автор текста.
В русской традиции это один из наименее значимых пунктуационных (и орфографических вообще) принципов. Обычно его относят к т.н. авторской пунктуации и трактуют следующим образом. Автор имеет право поставить (или опустить) запятую в следующих двух случаях.
~1. Когда ни тот ни другой вариант не противоречить общим правилам грамматики, но при этом они имеют или могут разный смысл; а также для облечения понимания или прочтения (в.ч. вслух) написанного.
~2. Для передачи особенностей прямой речи героя, этот случай на саом деле является отступлением от правил, здесь его рассматривать не имеет смысла.
То есть, теоретически, - я могу ставить знаки препинания где мне вздумается?
Теоретически - да, но только если Вы очень хорошо понимаете, зачем Вам это надо. Или это случай - из числа описанных выше.
Подробно - здесь.
http://www.gramota.ru/class/istiny/istiny_4_punct/
Вынужден оговориться, что у данного автора на многие вопросы весьма специфические взгляды, я не всегда их могу разделить, но полемизировать с ним здесь не буду.
Если можно, напишите пожалуйста после каких слов или союзов всегда идёт запятая.
Вопрос, видимо, некорректно сформулирован. Запятая обычно определяется тем, что идет за ней, в не тем, что перед. И притом, после союзов запятые вообще крайне редки, если, конечно, сразу за союзом не идет какой-то обособленный оборот.
Могу вспомнить, что почти всегда обособляется, например, слово "пожалуйста", поэтому после него (как и перед) идет запятая. Как и перед нем.
Логичнее было бы ставить вопрос о том перед какими словами всегда ставится запятая. Но даже в этой постановке всегда все-таки надо заменить на "почти всегда".