Была это мистическая причина(,) или же что-то более обыденное, но не менее беспощадное?
Нужна ли запятая и почему?
Была это мистическая причина, или же (было) что-то более обыденное, но не менее беспощадное?
Запятая ставится в сложносочиненном предложении.
Это не однородные члены по следующим признакам: в первом предложении согласование подлежащего и сказуемого в ж.р. (была причина), а во втором предложение согласование в ср.роде подлежащего что-то и однородных определений.
Второе предложение неполное (пропущено сказуемое было).
ДОПОЛНЕНИЕ (про вопросительную интонацию)
В случае союза И предложение легко читается в одну фразу с повышением тона в конце (общая вопросительная интонация): Неужели впереди болото и путь к отступлению отрЕзан?;
В случае союза ИЛИ предложение плохо читается в одну фразу: Ты пОнял меня или удАрить тебя? Почему? Да потому что там два ударения, два вопроса, две ситуации, которые нужно обозначить. Нет у них общей вопросительной интонации.
И совсем не читается в одну фразу предложение с союзом ИЛИ, если простое предложение осложнено однородными членами: Была это мистИческая причина, или же (было) что-то более обЫденное, но не менее беспощАдное?
В этом случае ударение падает на каждый из однородных членов. И вот попробуйте всё это прочитать без обозначения тона, вряд ли у вас что-нибудь получится.
Поэтому делаются попытки отредактироать это правило, но, вероятно, безуспешные. Потому что для нас знаки препинания – это не "нотные знаки" (как для Паустовского), помогающие читать текст, а формальная расстановка их по правилам. Смысл этих правил не очень ясен, да только кому он сейчас нужен, этот смысл.
Материал по теме: Нужна ли запятая перед ИЛИ, если предложение вопросительное?
По-моему, запятая не нужна.
Если считать предложение простым, то запятая не нужна.
Если считать предложение сложносочиненным, то действует правило: если обе части сложносочиненного предложения являются вопросительными предложениями, запятая не нужна.