Депутат Заксобрания Петербурга Оксана Дмитриева отметила, что кластеры, или, как их называли в советское время, производственно-территориальные комплексы, — идея не новая.
В этом предложении слова "или производственно-территориальные комплексы" — это пояснительная конструкция, присоединенная союзом или (в значении «то есть»).
Такие конструкции обычно выделяются запятыми.
Слова "как их называли в советское время" — это вводное предложение. Вводные конструкции тоже обычно выделяются запятыми.
В Нацкорпусе во всех примерах, содержащих слова "или, как их называли", запятые расставлены по одной схеме:
Бездельники, или, как их называли раньше, преступники, могли унести деньги и из дома. [Я. Ларри. Страна счастливых (1931)]
Тире обычно ставится между подлежащим и сказуемым, когда оба выражены существительным в именительном падеже (у вас: кластеры — идея)