И когда падёт последний император, то на место его заступит епископ: на верховного священника теперь начинают смотреть как на единственного защитника, как на отца города.
То, что сравнений парочка, на что-л. влияет?
В вашем примере оборот с как тесно связан со сказумым. Такие обороты имеют значение отождествления или приравнивания. Запятая не нужна. Ср.: Вот почему она смотрела на землю как на юдоль скорби (Нов.-Пр.);
Всё в порядке по поводу оборота, но меня смущает время. Мы как будто смотрим в будущее (когда падет...), и я бы написала так:
И когда падёт последний император, то на его место заступит епископ, и на верховного священника начнут смотреть как на единственного защитника, как на отца города.
"В качестве" или нет, но если удалить из какого-нибудь предложения сравнительный оборот, то предложение должно остаться осмысленным. А здесь не останется. Значит, запятая не нужна.
Мне кажется, запятые стоят на своих местах. Священника считают защитником, отцом города. Это не сравнение.
А вот "когда... то" меня смущает; разве так можно писать?