Я бы применила единый знак "запятая-тире", чтобы отделить отрицание от утверждения. Использование нескольких тире затрудняет чтение, они могут восприниматься ка парные знаки:Использование нескольких тире затрудняет чтение, они могут восприниматься ка парные знаки:
Из этого следует, что данное внедрение — это не процесс одного-двух месяцев, это не какая-то компьютерная система подсчета, не программа, — это философия, образ мышления Ваш и Ваших сотрудников, если хотите, это Ценность Вашей компании.
Примечание. Да, "образ мышления Вас" надо исправить.