По крайней мере ещё один из онлайн ресурсов по морфемному разбору с вами согласен и выделяет два корня в слове квадриллион, но при этом миллион, миллиард, биллион, и триллион считает единым корнем.
На мой взгляд, деление достаточно условное, но почему бы нет?
Слова эти заимствованы из французского, где (за исключением миллиона) были искусственно образованы, когда математикам захотелось как-то называть подобные большие числа.
С точки зрения французского и английского языков -illion - это основа (stem), полученная из слова million, отбрасыванием первой буквы, и все последующие названия чисел (за исключением, разумеется, milliard) получены путём добавления латинского префикса (bi-, tri- и т.д.). (Wiki: Names of large numbers, ссылается на "p. 316, The History of the English Language, Oliver Farrar Emerson, New York, London: Macmillan and Co., 1894.") То есть, в английском/французском quadr- и т.д. продолжают считать префиксами, что вполне логично.
[Для читающих по-английски может быть также интересно начало этой статьи.]