Чаще сучат ногами, но и коленками, я думаю, тоже можно сучить. Хотя примеров действительно не находится.
На Грамоте сучить:
- чем. Разг. Двигать попеременно взад и вперёд (обычно задевая одним о другое). С. ножками (о ребёнке). С. задними лапами (о щенке).
Я понимаю, что деепричастный оборот надо обособить.
Так там же не деепричастный, а причастный оборот. Определяемое слово Мария после него. Значит, не нужно обособления. Так ведь?
"После того как" я бы не стал разбивать, обычно только весь оборот отделяется, если в начале предложения.
Добавлю к ответу вариант со скобками, который позволяет поставить недостающую запятую, закрывающую оборот "после того как", да и вообще это замечание лучше заключить в скобки независимо от запятой (мне пришло в голову ещё до комментария Славы):
После того как едва успевшая добежать до ближайшей рощи Мария избавилась от необходимости сучить коленками, а заодно убедилась, что Юи — точно девочка (в чём она, конечно, не сомневалась, но всё-таки...), обе они повеселели и в храм решили не возвращаться.