http://www.evartist.narod.ru/text1/59.htm
Предпочтительно употребление собирательных числительных:
- с существительными мужского рода, имеющими окончание -а: двое мужчин, трое юношей.
Два мужчины звучат не очень хорошо, так как в единственном числе сущ. м.р. мужчина по грамматике не отличается от сущ. ж. рода женщина. Мы говорим две женщины, три женщины, и это привычное для слуха сочетания для всех сущ. на А/Я, которые составляют большинство сущиз которых относится к ж. 1-го склроду.
Соответственно, сочетание два мужчины, три мужчины воспринимается негативно. Окончание Ы/И Р.п. в ед.ч воспринимается как указание на ж. род для сущ. м. рода, которые в большинстве случаев имеют окончание А/Я (два мальчика). В этом и заключается неблагозвучность.
Сравнить: пять женщин, пять мужчин. Нулевое окончание в форме мн. числа уже не указывает на род, поэтому эти сочетания разрешены правилами.