Для существительных женского рода допускаются оба варианта, но выбор зависит не от семантики, а от грамматики. В этом случае основной задачей является обеспечение наилучшей сочетаемости стоящих рядом слов.
Например, если с точностью до ударения совпадают формы: нет книги (Р. п. ед. ч.) и интересные книги (И. п. мн. ч.), то общелитературной нормой является сочетание: две интересные книги.
В современной речи оба варианта всё чаще рассматриваются как параллельные нормы, причем при обозначение лиц даже чаще используется Р. п.: две российских спортсменки.
В то же время в каждом случае желательно учитывать особенности варианта.
Решение
Такие акции благотворители проводят с 2009 года, и с тех пор удалось собрать почти тринадцать миллионов рублей, которые спасли 62 детские жизни.
Этот вариант мне кажется более благозвучным, и вот по какой причине. В этом случае первое числительное "шестьдесят" задает Р. п. мн. ч. (60 детских жизней), и тогда числительное "две" выпадает из общего ряда и поэтому нуждается в грамматической поддержке (две детские жизни).